Налоговые вычеты по НДС согласно ст. ст. 171-172 НК РФ позволяют уменьшить общую сумму НДС, исчисленную в соответствии со ст. 166 НК РФ и подлежащую уплате в бюджет. Входящий НДС образуется при приобретении организацией товаров (работ, услуг), стоимость которых исчислена с НДС. Следовательно, НДС с первоначальной стоимости организацией уплачен.

Исходящий НДС суммируется по всем выставленным организацией счетам своим покупателям. При суммировании входящего и исходящего НДС образуется итоговая сумма НДС к уплате за налоговый период. Налоговые вычеты по НДС реализуют механизм зачета уже уплаченного организацией налога в составе платежей поставщикам.

Если налогоплательщик подал в налоговый орган декларацию, в которой НДС отражен к возмещению, он имеет полное право на возврат налога после ее подтверждения проведенной инспекцией камеральной проверкой. Порядок возврата таких сумм регламентируется ст. ст. 176 и 176.1 НК РФ и в широком смысле слова может быть назван заявительным, т.к. на практике налоговыми органами такой возврат производится только после получения от налогоплательщика соответствующего заявления. В узком же смысле заявительным является только порядок возврата, предусмотренный ст. 176.1 НК РФ, что прямо следует из ее названия.

Данная процедура растянута во времени (только камеральная проверка декларации длиться до трех месяцев) и содержит много подводных камней. Большинство таких трудностей связаны прежде всего с тем, что результат рассмотрения декларации с налогом к возмещению может оказаться не только строго положительным или отрицательным, но и частичным. В общем виде процедура возмещения выглядит так. Решение о возмещении или об отказе в возмещении НДС принимается инспекцией по результатам рассмотрения в рамках обязательной камеральной налоговой проверки декларации, в которой он заявлен.

Если при проведении камеральной налоговой проверки не были выявлены нарушения, то в течение семи дней по ее окончании налоговый орган обязан принять два решения - о возмещении и возврате соответствующих сумм налога (п. п. 2 и 7 ст. 176 НК РФ). После этого ими оформляется поручение на возврат, которое на следующий день направляется в территориальный орган Федерального казначейства. В течение 5 дней со дня получения поручения он возвращает плательщику суммы налога на счет в банке (п. 8 ст. 176 НК РФ). При этом согласно п. 10 ст. 176 НК РФ при нарушении данных сроков возврата (т.е. считая с 12-го дня после завершения камеральной налоговой проверки) в пользу налогоплательщика начисляются проценты.

Если налогоплательщик является задолжником по другим федеральным налогам, то налоговая служба имеет право сама осуществить зачёт суммы налога, которая подлежит возмещению, в счёт погашения задолженности по штрафам или пеням и т.д.

Сумма, которая подлежит возмещению, по желанию налогоплательщика может перечисляться на расчётный счёт в банке или же может направляться в счёт погашения следующих платежей в налоговую (в таком варианте налогоплательщику нужно писать заявление в налоговую). Не стоит забывать, что погашение платежей возможно и по НДС, и по иным федеральным налогам.

Поручение на возврат суммы налога, которое оформлено на основании решения о возврате, налоговая служба должна передать территориальному органу Федерального казначейства на следующий день после принятия этого решения. И уже в течение 5 дней со дня получения данного поручения территориальный орган Федерального казначейства должен возвратить сумму налога налогоплательщику и в течение этих же 5 дней уведомить налоговую службу о сумме и дате возврата денежных средств налогоплательщику.

О принятом решении (о зачёте (возврате), о возмещении или же об отказе в возмещении) налоговая служба обязана уведомить налогоплательщика в письменной форме в течении 5 дней.

Если сроки возврата нарушаются, то с 12-го дня после камеральной проверки, по результатам которой вынесено решение о возмещение суммы налога – должны начисляться проценты согласно ставке рефинансирования ЦБ РФ, которая действовала в дни нарушения срока возмещения. Если начисленные проценты уплачиваются не в полном объёме, налоговая служба выносит решение о возврате оставшейся суммы процентов, которая должна быть рассчитана, исходя из даты фактического возврата налоговой суммы, которая подлежит возмещению, в течение 3 дней со дня получения уведомления территориального органа Федерального казначейства о сумме и дате возврата денежных средств.

Налоговая служба для осуществления возврата на следующий день обязана направить поручение на возврат оставшихся процентов, которое оформлено на основании решения налоговой о возврате данной суммы, в территориальный орган Федерального казначейства.

Налоговая служба в течение 5 дней должна вынести решение в результате рассмотрения заявления, а также сообщить налогоплательщику об этом любым способом, который может подтвердить факт принятого решения. В случае принятия решения о возмещении НДС, которое заявлено в декларации, одновременно принимается и решение о зачёте или возврате и на следующий рабочий день после принятия решения о возврате НДС налоговая служба должна направить поручение в территориальный орган Федерального казначейства, который и осуществляет возврат в течение 5 дней. При нарушении сроков возврата на данную сумму начисляются проценты за каждый просроченный день, начиная с 12-го дня после подачи заявления налогоплательщиком. Камеральная проверка декларации идёт в обычном порядке и если по её результатам не выявляются нарушения, то налоговая служба уведомляет налогоплательщика об окончании проверки в семидневный срок. Если же нарушения есть, то процедура рассмотрения материалов камеральной проверки происходит в порядке, который установлен Налоговым кодексом РФ (ст.100 и ст.101).

В случае образования задолженности по НДС по результатам проверки, налоговая служба обязана отменить решение о возмещении налога в заявительном порядке в указанной денежной сумме, а также обязана направить требование о возврате этой суммы налогоплательщиком в бюджет. При неуплате требуемой суммы налогоплательщиком она либо уплачивается банком (основание – банковская гарантия) или взыскивается в обычном порядке.